今使っているWordPressが2.9にアップするにあたり、注意書きに「MySQL バージョン 4.1.2 以上」云々。サーバで稼動しているものは4.0。さくらインターネットでは自動で移行してはくれず、自分で面倒見るようにとのことなので、素直に従うのです。

移行するにあたり、例によって参考になるサイトをググる。
ブラウザ上の管理ツールでポチポチするのもなんなので、シェル上でガシガシと。
ここが参考になりました(多謝)。

MySQL5に替わり、ややレスポンスも向上ってとこ。